Har du nogensinde set et protein?

Skrevet af Daniel Noesgaard den 27-04-2011

Tagged med: , , ,

Der er så megen snak om proteiner! Hvad er de egentlig for nogle og hvordan ser de ud? Kort sagt er proteiner molekyler sammensat af såkaldte aminosyrer. Der findes tyve naturligt forekommende aminosyrer, som kan forbindes på utallige måder og danner lange kæder – peptider. De forskellige aminosyrers kemiske og fysiske egenskaber gør, at kæderne folder sig i tre dimensioner og dette giver proteinerne deres forskellighed og unikke egenskaber. Men kan vi se disse strukturer? Ja, men ikke med det blotte øje. Og ej heller med et mikroskop. Til gengæld kan man ved hjælp af teknikker som røntgenkrystallografi og NMR vise proteiners struktur. I Protein Data Bank kan forskere, der har udredt et givent proteins struktur, indsende denne så resten af verden kan få glæde af den. For nyligt publiceredes proteinstruktur nummer 10.000 i den europæiske del af databasen. Der er tale om strukturen af det såkaldt MHC klasse 1 molekyle fra en kylling. Dette protein findes på overfladen af stort set alle celler i dyr og mennesker og bruges af immunforsvaret til genkende organismens egne celler fra fremmede.

PDB ID: 2YF6 - Chappell, P., Roversi, P., Harrison, M.C., Mears, L.E., Kaufman, J.F., Lea, S.M. (2011) B21 Chicken Class I Mhc Molecules and Promiscuous Peptide Binding (To be published)

Men ser proteinet sådan ud? Med guirlander og serpentinere i alverdens farver? Nej, men pænt ser det da ud – og har også tidligere inspireret Museion-folk til at udfolde sig kreativt. Farverne og formerne skal ikke tages så bogstaveligt, men kan alligevel fortælle os en del om proteinets struktur. F.eks. betyder en serpetiner-lignende struktur at proteinet på det givne sted i kæden er foldet i en såkaldt helix-struktur. Farverne bruges til at illustrere de forskellige dele af proteiner – såkaldte domæner – som måske har en selvstændig struktur eller specifik funktion. Disse billeder kan give os en idé om, hvordan proteinet fungerer i en biologisk sammenhæng, og hvorledes det måske interagerer med andre molekyler. I PDB-systemet findes også små programmer, man kan hente og selv manipulere med billederne og fremhæve de detaljer, man har lyst til. F.eks. viser programmet Kiosk strukturen i levende billeder. Prøv det selv her (kræver Java Web Start)…

Unikke kemikalier fra Carlsbergs Gamle Laboratorium. En fundamental repræsentant for den moderne proteinkemi.

Skrevet af Nanna Gerdes den 22-02-2011

Tagged med: , , , , , , , , , , , ,

Fortidig forskning versus nutidig forskning.

Interiør og laboratoriefaciliteter fra fordums tiders forskning blander sig med det 21 århundredes moderne interiør og højteknologiske forskningsfaciliteter.

En smuk kontrast, der kommer en i møde på dørtærsklen til Carlsbergs Gamle Laboratoriums lokaler, der i 1876 blev grundlagt af Brygger J.C. Jacobsen.

En ting forener dog tiderne. Det er banebrydende forskning på højt plan under J.C. Jacobsens vedtægter, samt hans for den tid skelsættende vision: “Ingen resultater af laboratoriets aktiviteter, som er af teoretisk eller praktisk betydning, skal holdes hemmelige.”

Ved åbningen af et af laboratoriets gamle vitrineskabe åbenbares et væld af flakoner, flasker, reagensglas og dåser i alle faconer, størrelser og farver. Disse er placeret i et fint systematisk arrangement på hylderne. På trykte eller fint håndskrevne papiretiketter med varierende kantborder i rødt, blåt eller sort præsenteres indholdet. Et indhold af faste eller flydende kemikalier, som er mere eller mindre farverige. Enkelte etiketter supplerer med kemikaliets kemiske data og fremstillingsdato, samt fabrikantens navn.

Aminosyrer, peptider og derivater heraf er rigt præsenteret i det gamle vitrineskab. De udgør et unikt levn, der vidner om en omfattende grundig forskning med proteinernes kemi på Carlsbergs Laboratorium gennem de sidste årtier af 1800- tallet og op igennem det 20. århundrede.  Dermed præsenterer disse kemikalier også nogle af de først fremstillede kemikalier, der knytter sig til Proteinforskningens historie.

I deres egenskab af fundamental repræsentant for den moderne proteinkemi, udgør  de en biologisk og biokemisk kulturarv, som skal bevares for eftertiden.

Carlsbergs Gamle Laboratoriums fornemme kemikaliesamling er nu overdraget til Medicinsk Museion.

Som et vigtigt led under overdragelsen af samlingen for at bibeholde, samt genskabe dens oprindelige kontekst for eftertiden, blev hele samlingen omhyggeligt fotodokumenteret. Relevante oplysninger omkring samlingen, såsom historie, brug og funktion, blev dokumenteret skriftligt.

Efterfølgende blev hvert enkelt kemikalies oprindelige placering i vitrineskabet noteret ved hjælp af et nummer for hvert af skabets låger, dernæst et nummer for hver hylde bag hver låge, samt et nummer for placering på hylden i forhold til de andre genstande.

Efter endt dokumentation blev kemikalie efter kemikalie forsigtigt taget ned fra sin hylde og pakket omhyggeligt ind i syrefrit silkepapir og anbragt  i en antropologisk kasse med silkepapir. Under nedpakningen blev kemikalierne placeret tæt op ad hinanden for at opnå yderligere stabilitet og støtte, så der sikres en sikker og stabil transport til Medicinsk Museions ”modtagelsesrum” for nyindsamlede genstande.

Nu afventer Carlsbergs Gamle Laboratoriums kemikaliesamling en registrering i Regin, samt rensning og ompakning inden endelig placering under optimale forhold i Medicinsk Museions samlinger.

Med erhvervelsen af samlingen er der nu skabt grundlag for bevarelse af en fornem fundamental repræsentant for den moderne proteinkemi med en fyldestgørende dokumentation i form af skrift og fotos. En dokumentation der skaber mulighed for at genplacere dele af samlingen eller hele samlingen korrekt. Netop i samme fine systematiske arrangement som i den oprindelige kontekst på Carlsbergs Gamle Laboratorium.

Gavebånds-design4science

Skrevet af Bente Vinge Pedersen den 01-02-2010

Tagged med: , , ,

prøveopstillinger 018
Jeg tror, der var flere, som mistænkte vores gæsteforsker Sven Erik Hansen for at være ramt af et anfald forsinket julestemning, da han i dag hængte han denne dekoration op i vores frokoststue. Det er ihvertfald tydeligt for enhver, at han har gravet dybt i kassen med gavebånd, men rent faktisk er der en mening med galskaben.
Vi (og det vil sige en gruppe fra Medicinsk Museion bestående af omtalte Sven prøveopstillinger 021Erik, Thomas, Adam og undertegnede) er nemlig gået i gang med at forberede efterårets udstilling i vores Panum-udstillingsområde, og den kommer til at handle om G-proteinet og de G-protein-koblede receptorer (GPCRs)..
Det er dog endnu for tidligt at sige noget om, præcis hvad den kommer til at indeholde, for lige nu læser vi forskellige artikler inden for området og prøver at få styr på, hvad der kan egne sig til udstilling.
hi_3604
Jeg kan ikke helt gennemskue, om Sven Eriks model i gavebånd er en god model, der illustrerer, hvordan proteinstrukturerne er sat sammen. Men hvis jeg kigger på de billeder, der findes i de videnskabelige artikler om emnet, kan jeg godt forstå, hvordan han er blevet inspireret til sin fine lille uro.
Medicinsk Museion har før beskæftiget sig med designprocessen bag visualiseringen af kroppens molekylestrukturer. Med illustrationer som disse, befinder vi os på et niveau i kroppen, hvor det blotte øje for længst har måttet give op. Billeder af proteinstrukturer som fx GPCRs er derfor modeller – en pointe som udstillingen  Design4Science, som vi viste for et år siden, beskæftigede sig med. Mon ikke det også på en eller anden måde bliver et tema, som vi kommer til at berøre i efterårets udstilling? Det ser ihvertfald ud til, at arbejdet med proteinmodellerne sætter gang i de kreative ideer hos udstillingsgruppens medlemmer.
Følg med i vores arbejde de kommende måneder her på bloggen.